1、品种不同。
青花椒为芸香科植物青椒的干燥果皮。主产辽宁、吉林、黑龙江、河北、江苏等地。红花椒为芸香科植物花椒的干燥果皮。主产河北、山西、陕西、甘肃等地。在青海、山东、四川、湖北等省亦有分布。
2、外观不同。
青花椒多为2～3个上部离生的蓇荚果，直径3～4mm，顶端具短小喙尖。外果皮表面呈灰绿色、黄绿色至棕绿色，有网纹及多数凹下的小点状油腺;内果皮光滑，灰白色或淡黄色，与外果皮分离或卷起，残存种子卵形，黑色有光泽。气香，味微甜而后辛。
3、麻味程度不同。
红花椒的麻味没有青花椒那么浓烈。红花椒比较适合炒菜、炖汤。用于制作辣味重，偏重香辣风味的菜，比如辣子鸡、香辣鱼等。青花椒麻味重，比较适合用来做花椒油，或者是煮菜，比如花椒鱼，椒麻鸡、青椒兔等。